തമിഴ്നാട്ടിലെ കാൽകുളത്തു സഹ്യൻറെ താഴ്വാരത്തു വേളി മലയുടെ അടിവാരത്തു സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന പദ്മനാഭപുരം കൊട്ടാരം ഒരുകാലത്തു തിരുവിതാംകൂർ രാജാക്കൻമാരുടെ ആസ്ഥാനമായിരുന്നു. 1592-1609 ൽ വേണാട് ഭരിച്ചിരുന്ന ഇരവി വർമ്മ കുലശേഖര പെരുമാളാണ് 1601 ൽ ഈ കൊട്ടാരം നിർമ്മിച്ചത്.
1500 ലാണ് തായ് കൊട്ടാരം നിർമിച്ചതെന്ന് പറയപ്പെടുന്നു. 1729-1758. 1750 ൽ ആധുനിക തിരുവിതാംകൂറിന്റെ ശില്പിയായ അനിഴം തിരുനാൾ മാർത്താണ്ഡവർമ്മ ഈ കൊട്ടാരം പുനർനിർമിച്ചു.
1795 ൽ തലസ്ഥാനം തിരുവനന്തപുരത്തേക്കു മാറ്റിയപ്പോൾ ഈ കൊട്ടാരത്തിന്റെ പ്രൗഢി കുറഞ്ഞു. കേരളീയ വാസ്തുവിദ്യ ശൈലിയിൽ നിർമ്മിച്ച ഈ കൊട്ടാരം തനതു വാസ്തുവിദ്യ ശൈലിയുടെ ഒരു മകുടോദാഹരണമാണ്.